Der MFFPDF-Filter unterstützt verschiedene Font-Typen, darunter auch die bekannten Type1-, TrueType- und OpenType-Fonts. In der Konfigurationsdatei mffpdf.pro kann man angeben, wie Fonts bei der Erstellung der Ausgabedateien behandelt werden sollen.

Dabei gibt es im Wesentlichen zwei Möglichkeiten:

1. Der Font wird im PDF nur referenziert. Zur Darstellung kann es dann erforderlich werden, den Font durch einen anderen zu ersetzen, wobei es zu Abweichungen in der Darstellung kommen kann.

2. Der Font wird vollständig eingebettet, wodurch er jederzeit richtig wiedergegeben werden kann.

Beide Möglichkeiten der Font-Behandlung bieten Vor- und Nachteile. Eingebettete Fonts führen zwar zu einer größeren PDF-Datei, garantieren aber auch die korrekte Darstellung. Aus diesem Grund ist das Einbetten der Fonts für bestimmte PDF-Anwendungsfälle vorgeschrieben: beispielsweise für Archiv-Dokumente im PDF/A-Format und barrierefreie Dokumente im PDF/UA-Format.

In der Konfigurationsdatei mffpdf.pro werden die relevanten Angaben zur Font-Behandlung in den Abschnitten fontlist und resourcelist festgelegt. In der fontlist kann man angeben, welche Fonts eingebettet und welche nur referenziert werden sollen. Alle Angaben sind fontspezifisch, d.h. das für jeden einzelnen Font angegeben werden kann, um welchen Font-Typ es sich handelt, und ob er nur referenziert oder eingebettet werden soll. Die resourcelist legt fest, wo die entsprechenden Font-Dateien liegen. Um zu erreichen, dass Fonts in das PDF-Dokument eingebettet werden, ist es wichtig, embed="always" anzugeben.